नवी दिल्ली येथील भारतीय कृषी संशोधन संस्थेचे सहसंचालक (संशोधन) म्हणून कार्यरत आहेत. प्रा. इन्‍द्रा मणि यांचे कृषि यांत्रिकीकरणात मोठे योगदान असुन पिक अवशेष व्यवस्थापन, कोरडवाहू शेती व भाजीपाला यांत्रिकीकरण, लहान शेतातील यांत्रिकीकरण आणि खतांच्या वापराची कार्यक्षमता वाढविण्यासाठी उपकरणे आदी क्षेत्रात मोठ्या प्रमाणावर योगदान आहे. त्यांनी विकसित केलेले तंत्रज्ञान देशातील १८ पेक्षा जास्त राज्यांमध्ये पोहोचले आहेत. त्यांनी आजपर्यंत संशोधन मार्गदर्शक म्‍हणुन २० आचार्य आणि १२ एम. टेक. पदव्‍युत्‍तर विद्यार्थ्‍यांना मार्गदर्शन केले असुन त्‍यांची १४० पेक्षा जास्त शोधनिबंध आंतरराष्‍ट्रीय व राष्‍ट्रीय नियतकालिकेत प्रकाशित झाले आहेत.
कृषी क्षेत्रात ड्रोनच्या वापरासाठी मानक मार्गदर्शक तत्त्वे विकसित करण्यासाठी गठित केलेल्या समितीचे निमंत्रक म्हणून काम करून भारताच्या कृषी ड्रोन धोरणाच्या विकासात महत्त्वाची भूमिका त्यांनी बजावली आहे. भारतीय शेतकऱ्यांसाठी नाविन्यपूर्ण उपाय विकसित करण्यासाठी त्यांनी इंडियन इन्स्टिट्यूट ऑफ टेक्नॉलॉजीच्या सहकार्याने डिझाइन इनोव्हेशन सेंटरची स्थापना केली आहे. देशातील विविध क्षेत्रांसाठी विशेषतः ईशान्य प्रदेशासाठी यांत्रिकीकरण धोरण तयार करण्यात त्यांचा सक्रिय सहभाग आहे. उत्तर प्रदेश, हरियाणा आणि दिल्ली या राज्यांसह उत्तर पूर्व डोंगराळ प्रदेश आणि आदिवासी भागातील शेतकऱ्यांचे जीवनमान सुधारण्यासाठी विविध कार्यक्रमाचे समन्वयक म्‍हणुन कार्य केले आहे.
त्यांना विविध पुरस्‍कारांनी सन्‍मानित करण्यात आले असुन यात आयसीएआर - भारतरत्न सी सुब्रमण्यम उत्कृष्ट शिक्षक पुरस्कार, एएसएबीई युएसए प्रशस्तिपत्र पुरस्कार, आयसीएफए अपोलो टायर्स पुरस्कार, एमओडब्‍ल्‍युआर भूजल संवर्धन पुरस्कार, आयसीएआर-जवाहरलाल नेहरू पुरस्कार, आयएआरआय सर्वोत्कृष्ट शिक्षक पुरस्कार आदी पुरस्कारांचा समावेश आहे. डॉ इंद्र मणि यांनी दक्षिण पूर्व आशिया, उत्तर अमेरिका, आफ्रिका, जपान आणि युरोपमधील विविध देशांतील विविध संशोधन व शैक्षणिक संस्थांना भेटी दिल्‍या आहे. नवोदित उद्योग – संस्था – शेतकरी यांच्या संबंध विकसित करण्यात त्यांनी उल्लेखनीय योगदान दिले आहे. सुमारे ४०० पेक्षा जास्त दत्‍तक गावात शेतक-यांचे जीवनमान सुधारणासाठी भारतीय कृषि अनुसंधान परिषद पुरस्‍कृत मेरा गाव मेरा गौरव या उपक्रमाचे नोडल ऑफिसर म्‍हणुन कार्य केले आहे.